自然灾害水淹车投保了车损险，保险公司是可以理赔的，车损险保障的对象是车辆，被保险人或其允许的驾驶员在驾驶保险车辆时发生保险事故，造成保险车辆受损，保险公司在合理范围内予以赔偿。

水淹车属于一种不可抗力，在车损险的保障范围内。需要注意保险公司赔付是有一个前提的，车辆被淹时，不可二次点火。二次点火会造成发动机损毁，保险公司不予理赔。