建行卡扣年费是不会发短信通知客户的，银行系统会直接从卡的余额中扣除这笔年费。用户可以通过个人网银或手机银行查询账户明细，系统扣除年费会在明细中有所显示。而个人短信通知服务是建行账户资金变动时，建行发短信提醒客户，这个是需要需收费的，没开通该服务的客户，在扣年费时不会有短信提醒。