指数翻红基金收益却是负的原因如下：

1、指数基金所募集的资金没有百分百的投资与相关指数，即普通指数基金为保证基金流动性来应对申赎，会留出5％的现金资产，或者会把一些资金投资于一些比较灵活的货币市场，从而导致指数翻红基金收益却是负。

2、投资者在交易基金时，需要交纳一定的申购费用、赎回费用、托管费用、销售服务费用以及管理费用，其中管理费用、托管费用以及销售服务费用是在基金净值中计提的，从而也会导致翻红基金收益却是负。