用户已经逾期了，在逾期后进行协商还款，逾期记录仍然会上传到征信中。除非在逾期之前，用户就协商还款成功，同时用户要求贷款机构不要上传逾期记录，这样用户才可以按照协商后的约定进行还款，且不会有逾期记录影响到个人征信。

因此，用户想要与贷款机构进行协商还款，最好选择在逾期前进行协商，逾期后再协商就无法起到维护个人信用的效果。