花呗逾期后，用户使用支付宝支付，系统只会扣除应付款的金额。至于花呗逾期的金额，系统会根据付款顺序来扣款进行还款，这个扣款与支付宝支付是分开的。花呗逾期后，用户无法使用花呗、借呗、备用金，必须还清逾期的欠款，后续才有可能使用这些产品。

另外，花呗拥有3天的还款宽限期，宽限期还款仍属于按时还款，在宽限期内页面虽然显示为逾期，但逾期记录并没有上传到芝麻信用与人行征信中。