少儿住院互助基金住院医疗费用由定点医院记账结算，专科门诊医疗费用采用零星报销制，即由患者先自费结账，然后在就诊后的3个月内，凭相关材料到参加少儿住院互助基金所在地的区基金管理办公室申请报销。

在办理住院时，将医疗证交入院处，转诊的需同时提交有效转诊单；出院时，符合少儿住院互助基金规定的费用由医院记账结算。

参加上海市城乡居民医保的重残人员，先在医院记账结算城乡居民医保部分费用，然后在出院后的3个月内，凭相关材料到参加少儿住院互助基金所在地的区基金管理办公室申请报销互助基金部分费用。