公积金余额只有5000，但是符合公积金贷款条件，那么用户是可以申请公积金贷款的。公积金账户余额的多少，会影响公积金贷款额度，但是不会影响公积金审核结果。而公积金余额只有5000，可以贷款的额度由当地公积金中心根据相关的规定来计算。

用户如果后续要办理公积金贷款，那么就不宜办理公积金提取业务。毕竟公积金余额越多，用户可以贷款的额度会越高。