支付宝工资理财和余额宝的本质都是买入货币基金获取收益，但是两者的区别在于工资理财是一种定期、定额从银行卡将资金转入余额宝实现理财的方式；而余额宝则比较灵活，每次转入的时间、金额可以随意，且资金来源除了银行卡外还可以是余额账户。

简单来讲，支付宝工资理财和余额宝的区别在于一个是自动转入余额宝理财，一个是手动转入。