如果在还款日当天，农行房贷晚存了几小时错过了第一次自动扣款，那么农行会在还款日当天发起第二次自动扣款，只要扣款成功就视为用户按时还款。而用户在还款日过后晚存了几小时，只要农行房贷有宽限期，自动扣款成功也视为用户按时还款。

因此，在还款日当天农行房贷晚存了几小时，用户不妨直接选择主动还款，主动还款成功就不需要等待自动扣款。