使用京东信用卡分期付款时，是不会扣全款的，一般是用户在付钱的时候，没有选择分期，因此扣了全款。如果想要使用信用卡分期付款的功能，记得在付钱前就选择好分期数，这样在扣款的时候才不会扣全款。

如果确定自己选择了分期扣款，而系统显示的是扣全款，请主动联系信用卡发卡银行，询问具体的情况。