信用卡注销45天风险期是会扣年费的，因为这期间本来就是银行用来确认信用卡是否有消费未入账、年费产生、短信管理费扣费等情况的。也就是说这期间如果产生了年费，那么系统是正常扣费的。用户必须将所有的欠费都结清，才可以办理信用卡注销手续。

而没有产生任何费用的话，那么就只需要等待45天系统自动注销卡了。