常州市惠民保的年免赔额，是指在保单期间内，所产生保障范围内的医疗费用应由被保险人自己承担的部分，保险公司不赔。保险公司按照约定的比例，仅在限额内报销，经医保结算后且超出免赔额的剩余合理费用。

这款保险除了全面版的质子重离子医疗费用在报销时没有设立免赔额，对于其他各项保障范围内的费用在报销时，都有2万元的免赔额。

其中，医保内住院医疗、25种特药这两项费用是共用2万元的免赔额。即两项费用在保单年度内，经医保结算、累计扣除2万免赔额后，剩余的自费部分可按照其原来约定的比例报销。

医保外住院医疗、升级版的质子重离子医疗这两项费用，对其单独设立了2万元的免赔额。即在保单年度内，两项费用各自累计超过2万的部分才能按一定比例赔付。