支付宝的医保支付扣的是自己的钱，可能是医保卡余额不够，或者在药店或医院刷卡时，工作人员刷卡机器搞错了，刷在了银行卡机子上，而不是医保刷卡机。

据了解，支付宝上的电子社保卡的医保支付功能并没有全部开通，有些地方还不支持电子社保卡二维码支付，具体以页面为准。