房贷扣款余额不足，如果补上金额，系统是会进行第二次扣款的。因为房贷还款日当天，银行系统会多次进行扣款，第一次扣款失败就会进行第二次扣款，然后一直到房贷扣满为止。比如说房贷应还款2000元，卡内只有1500元，第一次扣款会扣除1500元，之后补上500元，系统会进行第二次扣款。

为了避免逾期还款，最好是一次性存入足够的金额到还款银行卡中。