学校医疗保险和农村合作医疗都是政府为不同的人群推出的社会福利性医疗保障，前者是针对在校学生参保，后者是针对农村户口参保，两者是有冲突的，保障范围差不多，若是同时投保仅能选择一个报销，所以参保也只要选择一个即可。

不过，有些地方并没有提供学校医疗保险，而是商业学平险，若是有投保需求，可优先农村合作医疗。