花呗退款后，钱不一定会退回到花呗额度，退回的钱有可能会自动偿还花呗账单、恢复花呗额度或直接退回支付宝余额。至于分期手续费，在交易中申请退款，手续费会退回。而已经确认收货，已出账单的手续费是不予减免或退还的，也就是说手续费还是会扣。

另外，已还款账单的部分手续费，发生退款，手续费也不会退回。