先天性疾病保险公司是否理赔还需要视情况而定。被保人在投保之前不知道自己患有先天性疾病，在投保时没有告知也不可能告知保险公司，但是因此产生的医疗费用看保单是否有约定赔付，否则保险公司一般情况下不赔。如果被保人在投保前知道自己患有先天性疾病，却没有告诉保险公司，这种情况保险公司拒赔。

还有一种情况是保险合同中明确约定了如果被保人是因为先天性疾病住院产生医疗费用的，无论被保人是否知情，保险公司都是不予赔付的。

但是如果被保人跟保险合同约定的保单详情中有条款明文规定了，被保人因先天性疾病产生的治疗费用保险公司承担治疗费用，那么是能够报销的。