首套未还清的情况下，首套房申请的公积金贷款，那么二套房将不能申请公积金贷款。而首套房是商贷未结清，二套房申请公积金贷款，首付比例必须大于60%，而贷款利率不能低于基准利率的1.1倍；二套房申请商贷，首付比例不能低于40%，贷款利率按不低于基准利率1.1倍执行。

因此，在首套房贷款未结清的情况下，申请公积金贷款与商贷的首付比例是不同的。