云南农村信用社信用卡有多种还款方法，用户可以直接用手机银行APP还款。或者登录云南农村信用社网银，在网银上直接还款。另外，也有第三方软件可以帮还信用卡，比如支付宝、微信、京东金融、云闪付等，需要注意的是第三方软件还信用卡，可能会需要支付手续费。

因此，用户选择最便捷的方式还款就可以了，且尽量选择不要支付手续费的还款方式。