首套房和二套房住房公积金贷款利率不一样。首套房申请公积金贷款，贷款利率执行基准利率。而二套房申请公积金贷款，贷款利率执行基准利率上浮1.5倍。因此，首套房申请公积金贷款更划算，二套房申请公积金贷款，即使利率上浮1.5倍，也仍比商贷利率要低。

当然，公积金贷款有额度的限制，商业贷款则没有额度限制，在公积金贷款额度不足的情况下，用户可以申请组合贷款。