微粒贷还款方式分为银行卡扣款与微信钱包扣款。在还款日当天会优先从银行卡中扣款，当天扣款失败则会在第二天通过微信钱包完成自动扣款。需要注意的是，还款日第二天只要还款成功，那么对于用户的信用是没有任何影响的。

用户可以选择用银行卡主动还款，但是不支持使用微信零钱进行主动还款操作。微信支付达到限额时，会影响到微粒贷钱包扣款。