国家开发银行生源地助学贷款利息从支付宝助学贷款还款账户中扣除。用户在5年还本宽限期内，每年只需要归还一次利息，在还款日当天，系统会自动从支付宝账户中扣除生源地助学贷款利息。因此，用户注意在还款日之前，将还款资金存入支付宝助学贷款账户中。

另外，生源地助学贷款是支持提前还款的，用户可以在学生在线服务系统中提交提前还款申请，然后在提前还款扣款日之前，将还款资金存入支付宝助学贷款账户中。