信用卡已经还清了，但是系统又进行了扣款，通常是因为用户手动还款成功后，系统在还款日当天又发起了自动扣款。这时候，用户可以致电发卡银行客服热线，要求银行退还多扣除的资金。银行在核实成功后，扣款的资金会原路返还。

另外，如果是信用卡产生了年费，那么年费在未入账的情况下，银行也有可能发起自动扣款来扣除年费。