自然灾害车险保险公司是否赔偿，要看车主是否有为自己的爱车配置了车损险，若没有，则保险公司不赔偿，若有，则保险公司可以在车损险的保障范围和限额内，根据被保车辆的实际损失进行赔付。车损险可以保障因为保险事故的发生而导致的车辆受损，比如说碰撞、坠落、以及暴雨、暴风、洪水、地震、泥石流、海啸等自然灾害。