二手房贷款，本质上也是办理住房抵押贷款，因此房产证是需要抵押给银行的。用户办理了抵押手续后，有的银行会帮助用户保管房产证，也有的银行会让用户将房产证拿回去保管。因此，用户申请办理二手房贷款，房产证有可能会由自己保管。

由于房产证已经抵押出去了，即使用户自己保管房产证，房产的所有权还是归属银行所有。