1、凭证式债券是以债券收款凭单的形式作为债权证明，可以记名，挂失，不可上市流通转让；记账式债券又名无纸化债券，没有收款凭单，以电脑记账方式记录债权，并可以上市交易的债券。

2、付息方式不同：凭证式债券一次还本付息，不计复利；而记账式债券采用年付或半年付，这些利息可以用来再投资，按复利计息。

3、兑现不同：凭证式债券可以提前兑现，利息按照实际天数及相应的利率计算，收取相应手续费，而记账式债券不可以提前兑现，但是债券上市后随时可以通过证券市场进行买卖。