1、基金数量不同：基金公司只能买该基金公司发行的基金，基金数量相对比较少，而证券公司可以买合作基金公司发行的基金，基本上所有的基金公司都会和证券公司合作，所有基金数量相对比较多。

2、基金品种不同：基金公司只能购买场外基金，首发的场内基金可以购买，但不能进行交易；证券公司既可以购买场外基金，又可以购买场内基金。

3、基金手续费不同：基金公司购买基金手续费比较便宜，申购费一般是1折起；而证券公司买基金手续费比较贵，申购费不一定有折扣。