手机上交农村合作医疗可以通过当地社保APP、官方公众号、小程序、电子社保卡、微信、支付宝等渠道进行办理。以微信为例，具体操作流程如下：

1.打开微信点击右下角“我”，点击“服务”；

2.在服务界面的“生活服务”板块找到“城市服务”；

3.在“热门专题”板块找到“社保”，点击进入；

4.点击“社保缴费”；

5.因为农村合作医疗已经合并为现在的城乡居民医疗保险，所以在这里可以点击“城乡居民医保缴费”进行缴费；

6.进入缴费页面后确认参保人信息、缴费信息、缴费金额，确认支付成后即可完成农村合作医疗的缴费。

该方法适合已经办理过新参保登记的人员，如果是首次参保、新参保，需要先携带好户口本或者身份证等相关证明资料，前往所在乡镇（街道）社保、医保经办窗口办理新增参保登记，税务系统缴费核定之后，参保人再定期在手机上缴纳。

一办来说，城乡居民医疗保险是交一年保一年，每年有固定的集中征缴期，一般是在当年的9月到12月期间缴纳下一年的医疗保险费用。如果错过集中征缴期，那么下一年一整年的医疗保障都没有，但是部分地区可以进行补缴，补缴时间期限需要根据当地政策确定。