在贷款总利息以及首付比例上面有区别，公积金贷款相较于商业贷款来说，贷款利率要优惠不少，目前首套房公积金贷款利率只有3.25%，商业贷款利率在5.8%左右，同样贷款60万等额本息30年还清，公积金可以为贷款人节省几十万的利息。

另外在申请公积金贷款的时候，可以使用较低的首付比例，不少地区的公积金中心支持两成首付，这会减轻贷款人的前期压力。