住房公积金申请贷款后，账户内的余额并不会被扣除。公积金账户内的余额会被用来计算公积金贷款额度，之后申请贷款成功，账户内的余额不会发生任何变化。除非用户办理了公积金提取业务或者公积金对冲业务，这样公积金账户内的余额才会发生变化。

用户后续仍然需要申请公积金贷款，那么不建议使用账户内的余额。后续不需要申请公积金贷款，则可以直接提取余额。