买etf基金最大的缺点在于投资者很难做到长期持有，交易手续费高。因为etf基金门槛低，可以实时交易，etf基金在场内交易，交易费一般只要万分之几，是比较低的，所以有的投资者会频繁交易，换手率高，累积起来的交易费用也是不低的，严重影响投资收益。

etf基金投资的是一篮子股票，所以购买基金降低风险的效用大幅减弱，etf基金助涨但不抗跌，股价在上涨的时候，etf也会有不错的涨幅，但是股价下跌，etf基金也可能会面临较大的亏损。并且对于一些追求高风险高收益的投资者来说，etf的上涨的波动不够大，并不青睐。

此外etf基金可能会出现跟踪误差较大的情况，这就使etf基金和指数偏离幅度比较大，基金出现亏损几率加大。