主贷人和次贷人公积金贷款不会同时扣款。到了还款日当天，系统会优先扣除主贷人的还款账户，只要扣满还款资金，系统就不会再发起扣款。而扣款的资金不足以归还本期的贷款，那么则会向次贷人的账户发起扣款，在扣款上，主贷人的优先级要高于次贷人。

另外，主贷人扣款失败、次贷人扣款也失败，系统仍然会按照扣款顺序再次从主贷人账户发起扣款。