学费贷款已经毕业了，用户申请的是助学贷款，则可以通过支付宝来进行还款，助学贷款在毕业后5年内只可以归还贷款本金，5年以后才需要支付利息。而用户申请的是其他的贷款，则根据贷款合同的约定来还款，通常是将还款资金存入银行卡等待银行自动扣款。

大部分学生申请的学费贷款都是助学贷款，因为助学贷款在校期间利息全免，对于经济状况不佳的学生来说是一种比较理想的贷款。